Сектор за управљање граничним и пограничним прелазима: обавља послове који се односе на: изградњу, опремање, текуће и инвестиционо одржавање граничних и пограничних прелаза; постављање посебних ознака, табли и сигнализације за означавање државне границе; спровођење одлуке Владе о запречавању саобраћајних комуникација, путева и подручја која нису у функцији законитог преласка државне границе; давање на коришћење објеката и ствари у јавној својини РС, давање у закуп објеката и ствари у јавној својини РС, пренос права јавне својине на другог носиоца јавне својине са накнадом или без накнаде, размена објеката и ствари у јавној својини РС на граничним прелазима; припрема аката у вези прибављања и располагања објектима и стварима потребним за опремање граничних и пограничних прелаза веће вредности о којима одлучује Влада; спровођење поступка прикупљања документације и израде уговора о коришћењу и уговора о закупу; припрему одговарајућег акта о давању сагласности Дирекције у областима за које је Дирекција надлежна у области граничних и пограничних прелаза; учешће у успостављању система финансијског управљања и контроле у пословима из делокруга Сектора и друге послове из делокруга Сектора.
У Сектору за управљање граничним и пограничним прелазима образују се следеће уже унутрашње јединице:
1.1. Одељења за инвестиционо-текуће послове
1.1.1. Одсека за инвестиционе послове
1.1.2. Групе за послове текућег одржавања, запречавања и сигнализације
1.2. Одељење за располагање и заштиту објеката и ствари у јавној својини на граничним и пограничним прелазима
(1.1.) У Одељењу за инвестиционо-текуће послове обављају се послови који се односе на: изградњу; опремање; текуће и инвестиционо одржавање граничних и пограничних прелаза; постављање посебних ознака, табли и сигнализације за означавање државне границе; спровођење одлуке Владе о запречавању саобраћајних комуникација, путева и подручја која нису у функцији законитог преласка државне границе; обављање редовних и периодичних прегледа објеката, у циљу планирања инвестиционог одржавања; израда планске и пројектне документације; модернизација и усаглашавање са међународним стандардима у погледу опремања граничних прелаза; организовање грађевинско- занатских радова на инвестиционом и текућем одржавању објеката; припрему техничке документације за спровођење поступка јавних набавки; давање мишљења на предлоге аката које доноси Влада, а који припремају други државни органи и организације у складу са својим надлежностима; припрема аката о давању сагласности Дирекције у областима и видовима располагања граничних и пограничних прелаза за које је Дирекција надлежна; као и друге послове из делокруга Одељења.
(1.1.1.) У Одсеку за инвестиционе послове обављају се послови који се односе на: израду пројектно техничке документације; прибављање дозвола и сагласности у складу са законском и подзаконским позитивним прописима, потребних за изградњу, реконструкцију граничних и пограничних прелаза ; израду предмера и предрачуна радова и техничких спецификација потребних за спровођење јавних набавки; праћење, координирање и вршење стручног надзора приликом извођења радова; послове примопредаје изведених радова; послове праћења квалитета изведених радова и уграђених материјала у гарантном року;израде предлога за уређење ентеријера објеката корисника и закупаца на граничним и пограничним прелазима; и други послови у вези са инвестиционим и текућим одржавањем објеката и ствари на граничним и пограничним прелазима, као и друге послове из делокруга Одсека.
(1.1.2.) У Групи за послове текућег одржавања, запречавања и сигнализације, обављају се послови који се односе на: спровођење поступка плана запречавања, спровођењем одлуке Владе о запречавању саобраћајних комуникација, путева и подручја која нису у функцији законитог преласка државне границе; постављање, одржавање и контрола посебних ознака, табли и сигнализације за означавање државне границе; постављање и одржавање сигнализације на улазним и излазним путним правцима за камионски и путнички саобраћај; давање мишљења и објашњења о примени закона и других прописа, а у вези запречавања и сигнализације, ради заштите интереса Републике Србије; припрема аката о давању сагласности Дирекције у областима за које је Дирекција надлежна, као и друге послове из делокругa Групе.
(1.2.) У Одсеку за располагање и заштиту објеката и ствари у јавној својини на граничним и пограничним прелазима обављају се послови који се односе на: давање на коришћење, давање у закуп, пренос права јавне својине на другог носиоца јавне својине са накнадом или без накнаде; размену објеката и ствари у јавној својини РС на граничним и пограничним прелазима; спровођење поступка прикупљања документације и израде уговора о располагању стварима у јавној својини на граничним прелазима; спровођење поступка у којем се регулишу међусобни имовинско-правни односи код прибављања у јавну својину Републике Србије непокретности путем заједничке изградње са трећим лицима на граничним и пограничним прелазима; одузимање непокретности која није у функцији остваривања надлежности имаоца права коришћења;припрема предлог аката које доноси Влада у вези давања у закуп непокретности у својини Републике Србије на граничним прелазима; спроводи поступак јавног објављивања огласа ради располагања непокретностима у јавној својини Републике Србије путем прикупљања писмених понуда или јавним надметањем на граничним и пограничним прелазима; припрема документацију и врши израду уговора; праћење реализације уговора о располагању стварима у јавној својини; обавља послове који се односе на надзор у вези располагања, управљања и коришћења имовине Републике Србије на граничним и пограничним прелазима; иницира предузимање и предлагање одговарајућих правних мера и радњи у поступцима пред Државним правобранилаштвом у циљу утврђивања законитости коришћења имовине Републике Србије и заштите њених имовинских права и интереса на граничним и пограничним прелазима; давање мишљења на предлоге аката које доноси Влада, из делокруга Одсека, као и друге послове из делокруга Одсека.